Madoka w końcu zmuszona jest stanąć twarzą w twarz z prawdą o tym, skąd tak naprawdę biorą się wiedźmy. Jednocześnie dowiaduje się jaki los czeka każą bez wyjątku dziewczynę, która zgodzi się zawrzeć kontrakt z Kyubeyem. W końcu przestaje on bowiem ukrywać prawdziwe motywy stojące za jego działaniami. Lecz jedna sprawa pozostaje nierozwiązana...Czy Madoka zawrze w końcu kontrakt i stanie się najpotężniejszą czarodziejką? A jeśli tak, to czy zdoła uniknąć swego tragicznego przeznaczenia?