Krajową politykę europejską, a także wszystkie procesy administracyjne i polityczne z nią związane, badać można, wykorzystując analizę systemową. Teoretyczny kontekst dla tej metody tworzy nowy instytucjonalizm, określający warstwę ontologiczną krajowej polityki europejskiej. Do elementów tej polityki zaliczają się, po pierwsze, formalne przepisy ustanawiające struktury organizacyjne powołane w celu realizacji przez Polskę obowiązków członkowskich w UE. Po drugie, w ramach opisywanej polityki obserwujemy standardowe procedury operacyjne, do których zaliczamy rutynowe działania stosowane w: implementacji prawa unijnego na gruncie prawa krajowego, formułowaniu stanowisk Polski na posiedzenia gremiów unijnych, zagwarantowaniu demokratycznego uzasadnienia owych stanowisk, a także w reprezentowaniu państwa członkowskiego przed organami sądowymi UE. Po trzecie, neoinstytucjonalizm do elementów krajowej polityki europejskiej zalicza także między innymi przekonania, wizje polityczne, kulturę czy wiedzę. Oddziałują one na sformalizowane standardowe procedury operacyjne, uzupełniając lub kwestionując ich działanie. Relacje zachodzące między instytucjami a aktorami politycznymi w krajowej polityce europejskiej podporządkowane są logice stosowności. Oznacza to, że obserwować możemy wzajemny wpływ na siebie wymienionych podmiotów będący efektem postępowania stosowanie do sytuacji, w której te podmioty funkcjonują i zgodnie z zasadami, normami i rolą im przypisaną.