Jedna z hipotez dotyczących początków Świętej Lipki wiąże się z napadem dokonanym w 1311 roku na okoliczne ziemie przez pogańskiego księcia Litwy Witenesa.
Dokonywał on grabieży, brał w niewolę zamieszkujących tamten teren chrześcijan. Później został pokonany przez wojska krzyżackie dowodzone przez komtura Heinricha von Plötzke. Podczas najazdu Witenes miał dokonać profanacji (podeptania) hostii. W miejscu, w którym doszło do zbezczeszczenia, na drzewie miała zostać zawieszona kapliczka przypominająca o popełnionym grzechu i konieczności modlitwy przebłagalnej, wynagradzającej i ekspiacyjnej.
Druga hipoteza jest związana z wierzeniami dawnych ludów. W przeszłości teren ten zamieszkiwało jedno z plemion Prusów – Bartowie.
Jego stolicą były pobliskie Barciany. Teren na północny wschód od nich zajmowali Jadźwingowie. Wierzyli oni w to, że w drzewach lipowych zamieszkują dusze zmarłych kobiet. Dlatego na jednej z lip ustawiono później figurę Matki Bożej.
Sanktuarium jest nazywane perłą polskiego baroku. Jako jedyny na terenie Polski kościół jezuicki posiada krużganek, znajdują się tu też piękne freski autorstwa Macieja Jana Mayera i zabytkowe organy z ruchomymi figurkami.
W sezonie letnim w Świętej Lipce odbywają się koncerty organowe z udziałem artystów z całego świata. Sanktuarium to także Częstochowa
Północy, a tradycja pielgrzymkowa sięga w tym miejscu XV wieku. Rocznie Świętą Lipkę odwiedza około 400 tysięcy pielgrzymów.