Relacje między muzułmanami a Francuzami pozostawały na niezmiennym poziomie okupant - ludność podbita. Ogromny wysiłek propagandowy przekreśliło już pierwsze powstanie w Kairze.
Bardzo często Bonaparte eksponował swoimi działaniami i decyzjami z jednej strony miłosierdzie i wspaniałomyślność czy łagodność – z drugiej surowość i bezwzględność, a więc cechy uosabiające Allaha i Proroka. Znalazło to nawet wyraz w jego korespondencji, w której dawał do zrozumienia, że ma swoistą łączność z Bogiem, że jest wykonawcą jego woli i wszelkie ludzkie opory wobec tego nie mają żadnych szans powodzenia.
Stosował w rządzeniu na przemian trzy formy oddziaływania na muzułmanów: przyjazne gesty, spektakularne manifestacje, przemoc.
Dążąc do unifikacji zdobywców z tubylcami chciał Bonaparte włączyć w nurt rządzenia klasy posiadające – szejków i ulemów – dając im zarazem możliwość wzbogacenia się i zapewniając im wszystkie prawa własności. Współpraca ulemów była o tyle istotna, że ci mieli bezpośredni wpływ na mieszkańców jako kreatorzy Koranu. W tym przypadku Bonaparte odniósł sukces. Część bowiem elit dobrowolnie włączyła się do współpracy, część uczyniła to wprawdzie pod naciskiem, ale poza nielicznymi wyjątkami nie sabotowała działalności okupanta. Ci z nich, którzy uznali, że za współpracę mogą spotkać ich represje, opuścili Egipt wraz z Francuzami. Ogromna większość pozostała i nie straciła nic z wpływów, które zdobyła podczas francuskiej okupacji. (...)
Na polu pozyskiwania muzułmanów Bonaparte nie odniósł sukcesu. Powiodło mu się to jedynie wobec licznych mniejszości, względem których działał koniunkturalnie, zdając sobie przy tym sprawę, że nie może przekroczyć tu pewnych granic, o ile nie chce zupełnie zrazić do siebie muzułmanów.