Fatima, Portugalia, 1917 rok.
Matka Boża objawia się trójce dzieci, pastuszków, przekazując im trzy tajemnice. Dwie z nich wkrótce ujawnione zostają światu. Trzecia tajemnica wędruje do Watykanu, odtąd czytana jedynie przez papieży.

Nie ujawniano jej aż do 2000 roku. Kiedy zostaje ogłoszona, jej zagadkowy ton, niezgodny z dotychczas przyjętą doktryną, powoduje, że wielu wiernych zastanawia się, czy Kościół prawidłowo zinterpretował wszystkie słowa Matki Bożej.
Watykan, dzień dzisiejszy.
Papieskiego sekretarza, Ojca Colina Michenera, niepokoi stan Papieża. Podczas bezsennych nocy Clement XV otwiera Vatican Riserva, specjalne archiwum dostępne tylko papieżom, gdzie magazynowane są tajemnicze i kontrowersyjne dokumenty. Pomimo że nie zna szczegółów, Michener wie, iż problemy papieża mają związek z Fatimskim Objawieniem. Równie zmartwiony, lecz pozbawiony jakiegokolwiek współczucia, jest Watykański Sekretarz Stanu, Kardynał Alberto Valendrea. Valendrea za wszelką cenę chce zostać papieżem, a podczas poprzedniego konklawe przegrał na rzecz Clementa XV. Teraz papieskie zainteresowanie Fatimą może spowodować, że odkryta zostanie stara szokująca prawda, którą Valendera ukrywał przez wiele lat. Papież Clement wysyła Michenera do Rumunii w poszukiwaniu sędziwego księdza, Ojca Tibora, który jest prawdopodobnie jednym z ostatnich ludzi na Ziemi mogącym pomóc w rozwiązaniu tajemnicy. Michener zostaje wplątany w morderstwo, podejrzenia, samobójstwo, oszustwo oraz zakazaną namiętność do ukochanej kobiety. Rozpaczliwie poszukując odpowiedzi wyjeżdża do Bośni, a potem do miejsca urodzenia Papieża Clementa w Niemczech, gdzie dowiaduje się, że trzecia tajemnica może dyktować prawdziwy los Kościoła – los, który nagle znalazł się w rękach Michenera.