"Tajemnica zaginionego skarbu" to historia wyprawy morskiej w poszukiwaniu zatopionego galeonu. W podróż ze Stiltonem wyrusza jego najbliższa rodzina siostra Gieronima, Tea, ich brat stryjeczny, pomysłowy, lecz nieznośny Pułapek, malutki Benio, bratanek sierotka oraz ukochana ciocia Eulipa (dla przyjaciół Lipa), której mąż, kapitan Wyliniusz Stilton, dwadzieścia lat temu zaginął gdzieś na morzu. Ciocia nadal go kocha i przeczucie każe jej popłynąć jego śladem. Wprawdzie odnaleziony skarb, w wyniku awantury z piratami, trafia ponownie na dno morza, ale za to odnajduje się skarb o wiele większy - ... sam wujek Wyliniusz! Bo to miłość, nie brylanty, jest prawdziwym skarbem powiada Stilton ustami (pyszczkiem) stryjenki Lipy.