Alma Belasco, bogata dama ze znanej i szanowanej rodziny, niespodziewanie porzuca dostatnie życie i przenosi się do Lark House, nietypowego domu seniora pełnego ekscentrycznych staruszków. Tam zaprzyjaźnia się z jedną z pracownic, Iriną Bazili, przed którą stopniowo odsłania swoją przeszłość.
Irinę i Setha, ukochanego wnuka Almy, intrygują przede wszystkim zdjęcia nieznanego Japończyka i listy, które starsza pani wymienia z tajemniczym kochankiem; razem próbują zrekonstruować pasjonującą historię jej wielkiej miłości, która mimo licznych przeszkód przetrwała kilkadziesiąt lat.
Akcja powieści toczy się w San Francisco. Współczesną opowieść autorka przeplata wspomnieniami Almy i historią jej rodziny, sięgającą początków XX wieku. Główne bohaterki, Almę i Irinę, na pozór różni niemal wszystko: wiek, status społeczny, doświadczenia. Pierwsza jest dumną, pewną siebie kobietą, druga zahukaną dziewczyną, tragicznie doświadczoną przez los. Obie jednak wyemigrowały do Stanów Zjednoczonych z Europy – Alma z Polski, a Irina z Mołdawii – w poszukiwaniu lepszego życia, przeszłość obu kryje tajemnice. „Japoński kochanek” to książka przede wszystkim o miłości, ale także opowieść o starości i umieraniu, o losach japońskich imigrantów w Stanach Zjednoczonych podczas drugiej wojny światowej, o oderwaniu od korzeni i trudnej walce z konwenansami.