Audyt wewnętrzny, który już od ośmiu lat funkcjonuje w sektorze publicznym, na trwałe wpisał się w system ochrony finansów publicznych. W początkowym okresie audyt wewnętrzny często bywał utożsamiany z kontrolą finansową. Kolejne zmiany przepisów wprowadzone na przestrzeni ostatnich lat określiły relację pomiędzy nim a systemem zarządzania i kontroli w jednostce. Rozdzielono również zapewniającą i doradczą funkcję audytu wewnętrznego, dostosowując jej treść do międzynarodowych rozwiązań.