Głównym polem zainteresowań Jerzego Łojka jako historyka był polski wiek XVIII. „Stulecie świateł” przyniosło wielką tragedię Rzeczypospolitej – unicestwionej w myśl zasad rozbioru „całkowitego, ostatecznego i nieodwołalnego”, jak głosiła preambuła do antypolskiej tajnej konwencji prusko-rosyjskiej z 9 stycznia 1797 roku. Dlaczego tak się stało? Czy bieg wypadków był nieunikniony? Co o tym wszystkim może powiedzieć historyk?
Interpretacja Łojka wciąż wywołuje spór wśród historyków. Wznowienie jego prac Geneza i upadek Konstytucji 3 Maja oraz Misja Debolego w Petersburgu w latach 1787–1792 następuje po wielu latach od ich pierwszego ukazania się.