Rozpoczęło się trzecie millennium, a wraz z nim czas ujawnienia największej tajemnicy Kościoła – stygmatów. Początkowo wyjawienie sekretu miało nastąpić na przełomie pierwszego tysiąclecia, ale uniemożliwił to kryzys papiestwa.

Teraz tajne bractwo Magni Signum, powołane do strzeżenia tajemnicy, informuje papieża, że stygmaty krwawią. To znak, że Ojciec święty musi wyznaczyć datę przekazania światu największego skarbu Kościoła.

Sprawa zaczyna się komplikować, gdy piąty członek bractwa nie dociera do Watykanu, bowiem aby odkryć sekret, Namiestnik musi być w posiadaniu wszystkich stygmatów. W przeciwnym razie zło będzie królowało przez kolejne tysiąc lat.

Papież zleca odnalezienie piątego stygmatu biskupowi Maliniczowi. Popełnia jednak nieostrożność i ważne informacje przechwytuje organizacja antykościelna IoC, która przeprowadza zamach.

Zaczyna się wyścig z czasem…