Akcja Domu Sophii rozgrywa się w okupacyjnej Warszawie. Paweł Tarnowski, właściciel księgarni, udziela schronienia Dawidowi Schäferowi, młodemu Żydowi zbiegłemu z getta, ukrywając go na strychu księgarni. W zimie 1942?1943, nękani wiszącą nad nimi groźbą zdemaskowania, dyskutują o dobru i złu, grzechu i odkupieniu, literaturze i filozofii oraz właściwym ich religiom poglądach na rzeczywistość. Kilkadziesiąt lat później Dawid przejdzie na katolicyzm i zostanie karmelitą, ojcem Eliaszem. Bohaterowie tej powieści pojawiają się w innych książkach Michaela D. O'Briena, które także ukażą się niedługo w Polsce.
Autor zgłębia znaczenie miłości, tożsamości religijnej oraz ofiary, widzianych z dwóch różnych perspektyw. Jego bohaterowie są targani rozterkami duchowymi niemalże jak postaci Dostojewskiego, na życiu Pawła ciążą także bolesne doświadczenia z dzieciństwa. Zadziwiająca jest wiedza O'Briena o polskiej historii i kulturze oraz głębia jego wglądu w ludzką duchowość.