Akcja opowieści rozgrywa się w XV-wiecznej Hiszpanii. Głównym wątkiem utworu są losy targanego wątpliwościami młodego mnicha, który zostaje sekretarzem Wielkiego Inkwizytora. Początkowo młodzieniec jest pełen wiary, ale też wątpliwości. Powoli jednak wpada w tryby totalitarnej maszyny. Znikają wątpliwości, mnich Diego przestaje czuć i współczuć, zostaje mu tylko ślepa wiara w system. Okazuje się jednak, że Wielki Inkwizytor, Torquemada, na łożu śmierci pełen skruchy, chce znieść Inkwizycję i naprawić krzywdy wyrządzone ludziom. Jedynym świadkiem tego jest jego sekretarz i to od niego zależy przyszłość Świętej Inkwizycji. Jaką podejmie decyzję?