Pan Apoteker to po części opowieść o Tadeuszu Pankiewiczu, człowieku, który zdecydował się pozostać na terenie getta krakowskiego i nieść pomoc jego mieszkańcom podczas II wojny światowej.
Apteka pod Orłem, dziś zamieniona w niewielkie muzeum, za jego sprawą stała się w tamtych strasznych czasach wyspą na wzburzonym oceanie, Arką pozwalającą przeżyć potop.
Mała Bluma, jej siostra Dorina i starszy brat, Arik niejednokrotnie znajdą tam pomoc lub schronienie.
Ale jak wyjaśnić sobie to wszystko, co dzieję się dokoła? Bluma ucieka w świat wyobraźni, obserwuje, próbuje tłumaczyć rzeczywistość i żyć w świecie, w którym być może jedynie szaleńcy czują się szczęśliwi.