Dwunastoletni Adaś Niezgódka wciąż się wszędzie spóźnia, nie odrabia lekcji i często przypadkowo niszczy różne rzeczy. Rodzice postanawiają więc wysłać go do pewnej wyjątkowej szkoły na ulicy Czekoladowej. Kieruje nią przedziwny pan Kleks, a uczniami są wyłącznie chłopcy, których imiona rozpoczynają się na literę „a”. Uczą się oni kleksografii, przędzenia liter, leczenia chorych sprzętów, a na geografii grają w piłkę globusem. Nauczyciel potrafi unosić się w powietrzu, kolekcjonuje sny swoich podopiecznych, ulubieńców zaś nagradza piegami. W ogrodzie znajdują się furtki prowadzące do innych bajek, a uczniom towarzyszy szpak Mateusz, który wymawia tylko końcówki wyrazów. Ale to tylko niektóre niezwykłe rzeczy, jakie mają miejsce w Akademii pana Kleksa…